Conjectura-se que o seu primitivo nome tivesse sido Madalena ou Santa Maria Madalena, a que mais tarde se houvesse acrescentado a denominação de Mar, por ser banhada pelo oceano e mais talvez para a distinguir do sítio e capela de Santa Maria Madalena, da freguesia do Porto do Moniz, quando ali começou a ser o centro duma conhecida e concorrida romagem.

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A paróquia tirou sua origem duma fazenda povoada que ali houve desde os primeiros tempos da colonização, com uma capela, cujo orago seria Santa Maria Madalena, segundo se vê algures, afirmando-se também que a primitiva ermida tinha a invocação de Santa Catarina.
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Esta freguesia foi desmembrada da da Ponta do Sol, sendo constituída paróquia independente pelo, bispo D. Jerónimo Barreto, a 1 de Fevereiro de 1582, sendo seu primeiro pároco o padre João Leandro Afonso.
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in Elucidário Madeirense, vol. (F-N), pp. 292-293.